Người ta thường tin rằng hầu hết ngựa Tây Tạng có nguồn gốc từ cổ xưa, rất có thể một nhánh từ ngựa Mông Cổ và ngựa giống của Trung Quốc. Tuy nhiên, một số giống như con ngựa Nangchen đã dường như đã được nhân giống thuần trong nhiều thế kỷ. Một loại khác là con ngựa Riwoche, đã được đưa ra giả thuyết đã được phát triển trong sự cô lập đến một mức độ mà một số khẳng định nó là một liên kết tiến hóa giữa con ngựa hoang dã thời tiền sử và các con ngựa nhà hiện đại, mặc dù nó cũng có thể là một loạt thuần mà trở lại là có màu nguyên thủy màu.

Ngựa Tây Tạng nói chung được coi giữ cũng bởi người dân địa phương, và họ đã được truyền thống giữ cả hai người Tây Tạng giàu và người nông dân như nhau, cũng như của Đức Đạt Lai Lạt Ma và các nhân vật tôn giáo khác. Ngựa đã được gửi làm quà tặng cho hoàng đế Trung Quốc, đặc biệt là trong các triều đại nhà Minh và nhà Đường. Ngựa cũng được giao dịch phổ biến trong việc chuyên chở chè từ các vùng phía Nam của tỉnh Tứ Xuyên, Trung Quốc thậm chí muộn hơn vào năm 1950. Các hoạt động thương mại là nhiều đến mức mà các tuyến đường giữa Lhasa và Tứ Xuyên đã được biết đến như là con đường trà ngựa.